Studia seminaryjne w Łodzi rozpoczął we wrześniu 1929 r., mając zaledwie 16 lat. Niecałe cztery lata później, gdy był na IV roku studiów, 29 sierpnia 1933 r., łódzki biskup Wincenty Tymieniecki napisał pismo do rektora Uniwersytetu Warszawskiego z prośbą o zarezerwowanie miejsca w konwikcie dla przyszłego studenta, alumna Zygmunta Muszyńskiego. W postscriptum biskup dopisał: „Studia seminaryjne ukończył całkowicie, święceń jednak kapłańskich z powodu braku lat nie mógł otrzymać”. Rektor łódzkiego seminarium wystawił mu ogólną dobrą końcową ocenę, po czym przyszły ksiądz Zygmunt rozpoczął studia. Ksiądz Piotr Zwoliński, autor opracowania o historii łódzkiego seminarium napisał: „biskup Tymieniecki, aby zaradzić brakom kadrowym w Seminarium, szukał odpowiednich kandydatów na profesorów wśród kapłanów innych diecezji oraz zgromadzeń zakonnych. […] Z czasem grono profesorskie powiększyło się o młodych księży, wychowanków Seminarium […]”. Jednym z tych, którzy podjęli studia, a potem wrócili, był ks. Zygmunt Muszyński.
Naukę na Wydziale Filologii Klasycznej Uniwersytetu Warszawskiego rozpoczął we wrześniu 1933 r. W pierwszym roku studiów, jak sam zaznaczył, skupił się głównie „nad gruntownym przyswojeniem sobie języka greckiego (w zakresie 8 klasy gimnazjum klasycznego)”, którego w ogóle nie znał.
Biskup wyznaczył mu termin otrzymania święceń subdiakonatu na rok 1934, dlatego prosił Rektora Konwiktu Uniwersytetu Warszawskiego o poufną opinię o studencie Zygmuncie Muszyńskim. W odpowiedzi uzyskał następującą informację:
„[…] jako student filologii klasycznej Uniwersytetu Warszawskiego, przez czas pobytu w Warszawie zachował to samo dobre usposobienie, jakie wyniósł z Seminarium. Bez zarzutu jest jego pobożność, delikatność w obejściu, akuratność w zachowaniu przepisów oraz pilność w studiach. Nie dało się również zauważyć, żeby doznał ujemnego wpływu z uczęszczania na świeckie wykłady […]. Wobec tego zaświadczyć mogę, że nie ma żadnej kanonicznej przeszkody do udzielenia mu subdiakonatu”.
W tym samym czasie, przed święceniami kapłańskimi, w parafii św. Józefa na Ogrodowej, czyli w parafii zamieszkania przyszłego księdza Zygmunta, zostały wygłoszone – przypisane prawem kanonicznym – zapowiedzi. Przeszkód nie wykryto.
Dnia 7 września 1935 r. subdiakon Zygmunt Muszyński napisał list do biskupa z prośbą o udzielenie święceń diakonatu. W następnym piśmie dwudziestodwuletni subdiakon prosił ordynariusza o udzielenie dyspensy od przeszkody wieku, na co uzyskał zgodę. Czas po otrzymaniu niższych święceń postanowił wykorzystać na pracę naukową, stąd po raz kolejny wystosował do biskupa pismo z prośbą o pozwolenie na pozostanie w konwikcie na czas ferii wielkanocnych i wakacyjnych, by móc korzystać z biblioteki uniwersyteckiej. Biskup i tej prośbie nie odmówił.
Szczęściem każdego kleryka jest dojść do kapłaństwa. O udzielenie tego sakramentu młody student seminarium prosił biskupa w specjalnym piśmie. Podobnie jak przed niższymi święceniami, tak i przed kapłańskimi, zostały w parafii wygłoszone zapowiedzi.
W sentencji pisma proboszcz parafii św. Józefa na Ogrodowej, prałat domowy Jego Świątobliwości Walenty Małczyński podał: „Sprzeciwu i przeszkód nie zgłoszono”. Jednak, o czym już wspomniano, przeszkodą był młody wiek kandydata. W związku z tym 14 sierpnia 1936 r. diakon Zygmunt Muszyński prosił „[…] Ekscelencję o łaskawe udzielenie […] dyspensy od brakujących […] 11 miesięcy i 22 dni do wieku wymaganego do przyjęcia święceń kapłańskich …”.
Bezpośrednio po święceniach ks. Muszyński poświęcił się pracy naukowej, do której ówczesny ordynariusz przywiązywał szczególną wagę. Diecezja, erygowana w 1920 r., potrzebowała własnej kadry naukowej. O tym problemie pisał P. Zwoliński: „Biskup W. Tymieniecki, powołując do życia Seminarium, stanął przed poważnym problemem – stworzenia w stosunkowo szybkim czasie odpowiedniej kadry profesorskiej. W nowo powstałej diecezji łódzkiej brakowało kapłanów z odpowiednimi kwalifikacjami. […] Biskup Tymieniecki, aby zaradzić potrzebom Seminarium, wysyłał młodych, zdolnych księży, również alumnów, na studia specjalistyczne z zakresu teologii i filozofii w ośrodkach zagranicznych i krajowych”. Do grona takich należał najpierw kleryk, potem kapłan Zygmunt Muszyński. Z bezpośredniej korespondencji biskupa i ks. Muszyńskiego można wnioskować, że ten ostatni informował swego ordynariusza niemal o wszystkim, dziękował za każde dobro, zawsze dodając na końcu słowne oznaki szacunku: „Łącząc wyrazy głębokiej czci, uszanowania i przywiązania synowskiego całuję Pasterskie ręce Waszej Ekscelencji.
Po ukończeniu studiów ks. Zygmunt wrócił do diecezji. Dnia 3 września 1938 r. otrzymał angaż profesora Wyższego Seminarium Duchownego w Łodzi. P. Zwoliński informuje: „W 1938 r. nowym profesorem został ks. mgr Zygmunt Muszyński, wykładowca łaciny”. W nominacji Biskup napisał: