Bezpośrednio po powrocie z wakacji, w kurii czekały na niego pisma z zastępstwami na parafiach: „Kuria uprzejmie [powiadomiła] Wielebnego Księdza, że Jego Ekscelencja Pasterz Diecezji mianuje Go wikariuszem-prefektem parafii św. Wojciecha w Chojnach, udzielają Mu koniecznej misji kanonicznej i jurysdykcji do pełnienia czynności wikariusza”.
„Otwarte 1 września 1939 roku Seminarium Łódzkie, pomimo licznych zabiegów ordynariusza łódzkiego Włodzimierza Jasińskiego, w dniu 25 listopada 1939 roku zostało zamknięte. Usunięto rektora, profesorów i alumnów. […] Po zamknięciu Seminarium w Łodzi decyzją biskupa Włodzimierza Jasińskiego przeniesiono je do majątku biskupiego w Szczawinie i w początkach grudnia 1939 roku rozpoczęto tam wykłady. W dniu 8 lutego 1940 roku seminarium po raz drugi zostało zamknięte przez okupanta niemieckiego. […] po rozwiązaniu seminarium część alumnów pzredostała się do Generalnego Gubernatortwa, gdzie kontynuowała studia teologiczne. Księża łódzcy chociaż wiedzieli o aresztowaniach w innych diecezjach, o zamykaniu kościołów, pomimo represji terroru, nie opuścili swoich parafii”.
Ks. Mieczysław Różański w swoim wyżej cytowanym artykule opisuje dalszą drogę życia:
„W wakacje 1939 r. został mianowany wikariuszem parafii św. Wojciecha w Łodzi i otrzymał misję kanoniczną do nauczania religii w Szkole Powszechnej nr 3 na Chojnach. Pracy duszpasterskiej w zasadzie nie zaczął, bo został aresztowany zaraz po wkroczeniu okupantów niemieckich i osadzony wraz grupą księży wśród której był m.in. jego starszy brat Jan i proboszcz par. św. Wojciecha ks. Feliks Kąkolewski. Aresztowania te miały charakter prewencyjny aby zapobiec demonstracjom w kościołach. Z wiezienia został zwolniony 15 stycznia 1940 r. Wówczas powrócił do pracy w parafii św. Wojciecha w Łodzi. Niestety działania okupanta nie pozwoliły na dynamiczne działania duszpasterskie. Ograniczało się ono jedynie do sprawowania mszy św. i posługi sakramentalnej. Wszystkie inne formy działania zostały całkowicie zabronione przez władze niemieckie. Tak ograniczona praca nie trwała długo. Kolejna fala aresztowań, która miała na celu całkowite wyeliminowanie Kościoła odbyła się w nocy z 5 na 6 października 1941 r. Wówczas z parafii, w której pracował ks. Kazimierz aresztowani zostali oprócz niego samego wszyscy pracujący tam duchowni – ks. proboszcz Feliks Kąkolewski oraz pozostali wikariusze ks. Jan Walczewski, Arkadiusz Jarzyna i Władysław Włodarczyk. Zostali oni osadzenie w obozie przejściowym w Konstantynowie, a następnie 30 października 1941 r. wywiezieni do obozu koncentracyjnego w Dachau. Ks. Kazimierzowi Krupczyńskiemu nadano nr obozowy 28330”.